Ein nicht von der Hand zu weisender Nachteil der Stammzellentherapie ist, dass die Gewinnung von Nabelschnurblut einer natürlichen Grenze unterliegt. Da bei vielen Terhapien eine hohe Anzahl von Stammzellen notwendig ist um eine erfogversprechende Therapie mit Stammzellen einzuleiten, kann es gerade bei Erwachsenen Menschen (vor allem solchen, mit erhöhtem Körpergewicht) hierbei zu Problemen kommen. Allerdings kann hier die Transplantation von zwei Nabelschnurpräparaten eine Lösung sein.

Mit Blick auf die Behandlung selbst ist bei der Stammzellentherapie mit Nabelschnurblut zu unterscheiden zwischen der allogenen und der autologen Transplantation. Bei der allogenen Transplantation werden zum jetzigen Stand überwiegend Krankheiten wie Leukämien, Blutbildungsstörungen oder Krankheiten behandelt, die genetisch bedingt sind. Bei dieser Form der Behandlung werden dem Patienten Stammzellen gegeben, welche nicht von ihm und auch nicht von einem Verwandten stammen. Die allogene Transplantation oder auch Fremdtransplantation ist die am weitest verbreitete Therapieform mit Nabelschnurblut.

Autologe Transplantationen oder auch Eigentransplantationen wurden bisher noch nicht sehr zahlreich durchgeführt. Allerdings ist der wissenschaftliche Fortschritt in den letzten Jahren hierbei enorm. Krankheiten, welche bis dato bereits mit Nabelschnurblut therapiert wurden sind unter anderem Knochenmarksversagen, diverse Tumorerkrankungen oder auch Diabetes (Typ 1).